Lahirnya UU No. 39 tahun 2008 tentang Kementerian Negara (UUKN) melalui perjalanan panjang dan cukup berliku. Tidak lama setelah ditetapkannya amandemen ketiga UUD 1945, berdasarkan amanat pasal 17 ayat (4), Kementerian Negara Pendayagunaan Aparatur Negara telah mengambil inisiatif untuk menyusun RUU Kementerian Negara.
Dalam proses penyusunannya, Kemeneg PAN telah melibatkan berbagai unsur, baik dari perguruan tinggi, politisi, jajaran instansi pemerintah serta unsur masyarakat lainnya. Kementerian Negara PAN menyelenggarakan serangkaian seminar, diskusi, serta penyusunan konsep RUU.
Hasilnya telah disampaikan kepada Presiden dengan Surat Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor : B/60/M.PAN/1/2004 pada tanggal 15 Januari 2004, dan Nomor : B/956/M.PAN/5/2004 tanggal 27 Mei 2004.
Konsep RUU tersebut belum sempat disampaikan ke Senayan, sementara DPR periode 1999 – 2004 juga mengajukan RUU Kementerian Negara kepada Presiden, sebagai hak inisiatifnya dengan surat Nomor RU.02.4032/DPR-RI/2004 pada tanggal 4 Agustus 2004.
Menanggapi usul inisiatif DPR tersebut, Presiden (Megawati Soekarnoputri, saat itu), kemudian menerbitkan Ampres No. R-27/PU/IX/2004 tanggal 23 September 2004. Presiden selanjutnya menugaskan Menko Bidang Polhukam, Meneg PAN, Menteri Kehakiman dan HAM, serta Mensesneg untuk bertindak sebagai wakil pemerintah dalam pembahasan RUU Kementerian Negara.
Namun proses penyusunan RUU Kementerian Negara mengalami stagnasi, seiring situasi politik hingga terjadi pergantian kepemimpinan nasional menyusul berakhirnya jabatan Presiden Megawati Soekarnoputri, dan berakhirnya bhakti DPR periode 1999 – 2004.
Dalam Pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan DPR periode 2004 – 2009, penyusunan RUU Kementerian Negara dijadikan prioritas dalam Prolegnas, dan diselesaikan sesegera mungkin.
DPR akhirnya juga memperbaharui kembali usulan inisiatifnya, dan menyampaikan RUU inisiatif tentang Kementerian Negara kepada Presiden, melalui surat Ketua DPR RI No. RU.02/8580/DPR-RB/2006 tanggal 9 November 2006.
Menanggapi surat Ketua DPR RI tersebut, melalui surat Nomor : R-94/Pres/11/2006 tanggal 27 November 2006, Presiden menunjuk Mensesneg untuk mewakili Pemerintah dalam pembahasan RUU tentang Kementerian Negara bersama DPR. Serangkaian proses pembahasan dilakukan, antara lain melalui Rapat Kerja antara Pemerintah dan DPR-RI.
Presiden selanjutnya melakukan perubahan penunjukan wakil pemerintah, dengan maksud agar pembahasan RUU Kementerian Negara bisa lebih komprehensif. Melalui surat Presiden Nomor : R-21/Pres/4/2008 tanggal 1 April 2008, Presiden menunjuk Mensesneg, Menkumham, serta Menteri Negara PAN untuk mewakili pemerintah dalam pembahasan RUU tersebut bersama DPR.
Setelah dilakukan perubahan wakil Pemerintah, pembahasan RUU Kementerian Negara kemudian dilaksanakan secara lebih intensif. Dalam suasana kemitraan dan kerjasama yang sangat kondusif, baik pemerintah maupun DPR, bertekad untuk segera menyelesaikan pembahasan RUU Kementerian Negara. Diskusi, debat, dan adu argumentasi ikut mewarnai proses pembahasan RUU tersebut. Namun semuanya memiliki semangat yang samauntuk menghasilkan undang-undang yang terbaik.
Selama bulan Juni dan Juli 2008 dilakukan pembahasan sangat ketat dan intensif melalui lobi antara Pemerintah dan Pimpinan Pansus maupun pimpinan fraksi.
Pada bulan Oktober 2008, dalam rangka merumuskan kembali dan mensinkronkan materi-materi RUU Kementerian Negara, dengan melakukan rapat-rapat melalui Tim Perumus dan Tim Sinkronisasi secara kontinyu dan berkesinambungan.
Setelah melalui proses yang cukup panjang, akhirnya dihasilkan suatu konsep RUU, dengan kesepakatan antara DPR RI dengan Pemerintah, yang dirasakan lebih aplikatif dan akomodatif terhadap perkembangan yang ada.
Selanjutnya, pada tanggal 21 Oktober 2008, RUU tentang Kementerian Negara diajukan dalam Rapat Paripurna DPR RI Masa Sidang I Tahun Sidang 2008 – 2009, dan pada Rapat Paripurna tersebut disetujui, RUU tentang Kementerian Negara, ditetapkan menjadi Undang-undang.
Alhamdulillah, akhirnya pada tanggal 6 November 2008, RUU Kementerian Negara ditandatangani oleh Presiden, dan secara resmi diundangkan menjadi Undang Undang Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara. (HUMAS MENPAN)